帳簿に載せる前に、何を確かめればよい？
確かめておきたいのは、商品ごとの税率の設定と、決済方法ごとの手数料の消費税の2点です。
1つ目は、食品などの軽減税率の商品が、Yahoo!ショッピングの商品データで8%として登録されているかです。この登録が、売上を税率ごとに分けるときの元になります。
2つ目は、決済サービスの利用料に消費税がかかるかどうかです。クレジットカード決済の利用料は非課税で、PayPay残高などほかの決済方法の利用料は税別と案内されています。手数料を1つの税区分にまとめて登録すると、この違いが帳簿に表れません。
どちらも、使っている会計ソフトや、売上を手で入力するか連携で取り込むかに関係なく、出店者の側で確かめる必要があります。
商品の税率は、どこで設定されている？
商品データの「taxrate-type（軽減税率コード）」という項目です。Yahoo!ショッピングの商品アップロードの仕様では、通常税率10%は「0.1」、軽減税率8%は「0.08」と入力します。
仕様には「空欄の場合は通常税率10％」とあります。食品を登録したときにこの項目を空欄のままにしていると、その商品は10%の商品として扱われます。
今の設定は、ストアクリエイターProから商品データをダウンロードして確かめられます。ダウンロードされる項目は「商品管理」の「CSVダウンロード項目の選択」で選んだものだけなので、軽減税率コードを選んでからダウンロードします。
どの商品が軽減税率の対象になるかは、商品の実態で決まります。お酒を使ったお菓子や、器と組み合わせた商品など、判断に迷いやすいものは別の記事で国税庁のQ&Aの問番号とあわせて整理しています。
会計ソフトに取り込むとき、売上は税率ごとに分かれる？
会計ソフトによって取り込み方が違い、税率ごとの金額をどこで確かめるかも変わります。
freee会計は、Yahoo!ショッピングの売上を自動で取り込む同期機能の提供を2024年6月に終えています。freeeのヘルプは、ストアクリエイターProの精算明細を見て手で登録するか、注文ごとの精算明細のCSVを取り込む方法を案内しています。同じヘルプは、複数の税率の商品を売っている場合は税率ごとの売上高を登録するよう案内しています。
マネーフォワード クラウド会計は、API連携に対応しているサービスの一覧にYahoo!ショッピング（出品者）を載せています（2026年7月13日更新）。ただし、2024年8月時点の税理士の解説では、連携で届くYahoo!ショッピングの明細の項目として「小計」や決済方法ごとの金額が挙がっていて、税率を示す項目はありません。この解説は、連携データだけでは適切に記帳できないとして、Yahoo!ショッピングの取引明細をもとに記帳するよう勧めています。
食品など8%の商品を売っている場合は、連携された売上をそのまま使わず、商品の税率設定をもとに、税率ごとの金額を確かめてください。
決済方法ごとの利用料と、消費税の扱い
Yahoo!ショッピングの決済サービスのページに載っている、出店者が負担する利用料です（2026年10月7日に確認）。
| 決済方法 | 利用料 | 消費税 |
|---|---|---|
| クレジットカード決済 | 決済金額の3.24%（PayPayカード株式会社が発行したカードは3.0%） | 非課税 |
| PayPay残高等 | 決済金額の3.0% | 税別 |
| PayPayクレジット | 決済金額の3.0% | 税別 |
| ヤフーショッピング商品券 | 決済金額の3.0% | 税別 |
| ゆっくり払い | 決済金額の3.24% | 税別 |
| モバイル支払い（キャリア決済） | 決済金額の4.48% | 税別 |
| コンビニ決済 | 1件200円〜350円 | 税別 |
| 銀行振込決済（ペイジー） | 1件150円 | 税別 |
手数料を1行にまとめて登録すると、何がずれる？
クレジットカード決済の利用料まで、消費税のかかる仕入れとして帳簿に載ります。
freeeのヘルプの入力例は、手数料を「販売手数料・課対仕入10%」の1行で登録する形です。同じヘルプは、決済方法によって手数料の課税・非課税が異なるので、決済サービスのヘルプページなどを必ず確認するよう注意しています。
原則課税で消費税を計算している場合、申告で差し引けるのは、消費税のかかった仕入れの分だけです（インボイスの保存などの要件もあります）。非課税のクレジットカード決済の利用料を課税の仕入れに含めると、差し引く消費税が多くなります。決済方法ごとの内訳の確かめ方は、ストアクリエイターProのヘルプかYahoo!ショッピングの窓口で確認してください。
ストアポイントの原資やアフィリエイトの報酬など、決済サービスの利用料以外の費用の消費税は、上のページには書かれていません。扱いに迷う場合は、顧問の税理士に確認してください。
税率と手数料を分けると、仕訳はどうなる？
例として、1か月分の売上をまとめて登録する場合の仕訳を、税抜経理で示します。売上は軽減税率の商品32,400円と標準税率の商品22,000円、手数料はクレジットカード決済の利用料1,000円と、PayPay残高等の利用料660円（税込）とします。
金額は説明用の例で、料率から計算したものではありません。売掛金は、手数料を差し引いた後に入金される金額です。
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 |
|---|---|---|---|
| 売掛金 | 52,740 | 売上高（軽減税率） | 30,000 |
| 支払手数料（非課税） | 1,000 | 仮受消費税（軽減税率） | 2,400 |
| 支払手数料（課税） | 600 | 売上高（標準税率） | 20,000 |
| 仮払消費税 | 60 | 仮受消費税（標準税率） | 2,000 |
売上と入金の時期は、どれくらいずれる？
基本の入金サイクルは月1回で、末日締めの翌月末日入金です。月2回・3回・6回・8回のサイクルも選べますが、月2回以上はオプション手数料がかかります。
売上を計上した月と、銀行に入金される月が違うので、締めから入金までの間は売掛金として残ります。入金があったら、銀行口座の入金と売掛金を突き合わせます。
2027年1月からは、LINEショッピングタブのカート経由で購入された注文に、税抜の販売価格の2〜4%（カテゴリによって異なります）の掲載料金がかかると案内されています。新しい費用が加わるので、消費税の扱いもあわせて確かめてください。
毎月の登録の前に確かめること
使っている会計ソフトに関係なく、出店者の側で確かめておきたいことです。
- 商品の税率食品などの軽減税率の商品で、軽減税率コードが「0.08」になっているか。空欄の商品は10%として扱われる
- 税率ごとの売上会計ソフトに登録した売上が、商品の税率設定にもとづく税率ごとの金額と合っているか
- 決済方法ごとの手数料クレジットカード決済の利用料と、ほかの決済方法の利用料を分けて登録しているか
- そのほかの費用ストアポイントの原資・アフィリエイトの報酬などの消費税の扱いを、税理士に確認しているか
- 入金銀行の入金額と、締め日までの売上から手数料を引いた金額が合っているか
商品が多いときは、どこから見ればよい？
商品が数百点ある店では、一覧を上から順に読むより、確認が要りそうな商品を先に絞り込むほうが早く終わります。
Journifyの「商品の税率設定チェック」は、ダウンロードした商品データのCSVを読み込み、商品名と説明文から、税率を確認したほうがよい商品を一覧にします。軽減税率コードの列が入っていれば、今の設定も並べて表示します。
税率を判定して設定を書き換える道具ではありません。1回に確認できるのは300行までです。
この記事の情報について
利用料や入金サイクル、各会計ソフトの対応状況は、2026年10月7日に各社の公開ページで確認した内容です。変わることがあるので、登録の前に最新の案内を確認してください。
公開日：2026年10月7日
最終更新日：2026年10月9日
変更点：商品の税率設定と、決済方法ごとの手数料の消費税を整理しました。軽減税率コードを説明した節の後にも、商品の税率設定チェックの案内を置きました。先行登録の案内を、この記事で確かめる2点から書き始め、JournifyがYahoo!ショッピングの売上を登録する機能を提供していないことを書きました。
Yahoo!ショッピングの売上も、税率ごとに自動で登録したい方へ
Yahoo!ショッピングの売上を会計ソフトに登録するときは、商品の税率の設定と、決済方法ごとの手数料の消費税を、出店者の側で確かめる必要があります。
Journifyは、makeshopやカラーミーショップの注文を、軽減税率と標準税率に分けて会計ソフトへ自動で登録しています。Yahoo!ショッピングの売上を登録する機能は提供していません。自動登録に興味のある方は、先行登録をお願いします。
本サービスは仕訳登録の自動化を提供します。税務代理・税務書類作成・税務相談には該当しません。最終的な税務判断および確定申告は、税理士または利用者ご自身の責任で行うものです。