Shopifyとマネーフォワード クラウド会計の連携はいまも使える？
マネーフォワード クラウド会計とShopifyのデータ連携は、2023年6月30日に終了しています。マネーフォワード公式のお知らせ（2023年6月14日公開）では、明細の自動取得で問題が起きたことが理由とされています。
いまShopifyの売上をマネーフォワード クラウド会計に入れる方法は、月ごとの手入力、注文データのCSV取り込み、注文単位で登録する外部の連携サービスの3つです。
どの方法でも、Shopifyからの入金額をそのまま売上にしないことは共通です。まずこの点を確認してから方法を選びます。
入金額を売上にすると、何がずれる？
Shopify ペイメントの入金額は、注文の合計額と一致しません。複数の注文がまとめて入金され、その間に決済手数料が差し引かれ、返金やチャージバックがあればその分も減るためです。Shopifyの取引データのCSVでも「金額」「手数料」「正味」が別の列になっています。
入金額を売上として入力すると、売上が手数料の分だけ小さくなり、手数料は経費に出てきません。利益は同じでも、売上高と支払手数料がどちらも実際より小さく記録されます。消費税の計算の元になる課税売上も小さくなるため、申告の数字にも響きます。
売上は注文ごとに、お客様が支払った額をもとに計上し、入金時に手数料を分けて記録するのが基本の形です。
公式連携が無いいま、売上はどうやって入れる？
3つの方法は、注文件数と、帳簿にどこまで内訳を残したいかで選びます。
| 方法 | 向いている運用 | 確認したい点 |
|---|---|---|
| 月ごとの合計を手入力 | 注文が少なく、売上の内訳を帳簿に残す必要がない | Shopifyの売上レポートと入金額の差（手数料・返金）を毎月自分で分ける |
| 注文データのCSVを加工して取り込む | 登録する前に注文を1件ずつ見たい。取り込みのタイミングを自分で決めたい | 文字コードと列の対応を毎回そろえる。取り込み済みの注文番号を記録して二重登録を防ぐ |
| 注文単位で登録する外部の連携サービス | 注文が多く、送料・割引・返金を注文ごとに分けて残したい | 登録のタイミング、登録を止める条件、返金の扱いをサービスごとに確認する |
どの方法でも、最初の1か月で確認したいこと
方法を決めたら、次の点を実際の注文で確かめます。
- 計上する金額入金額ではなく、お客様が支払った額（送料込み・割引後）と売掛金が一致している
- 送料と割引お客様から受け取った送料を売上として計上し、割引の科目をそろえている
- 税率標準税率10%と軽減税率8%の商品が同じ注文にあるとき、税率ごとに分けて登録している
- 返金返金は返金した日の取引として、元の注文とは別の仕訳で売上から差し引いている
- 入金との突き合わせ入金額が、Shopify ペイメントで決済した注文の合計から手数料・返金・チャージバックを引いた額と合うか、入金1回ごとに確かめている
送料と割引がある注文の仕訳例
商品3,300円（税込）、送料800円、クーポン割引300円で、お客様の支払いが3,800円の注文を例にします。この例は税込経理で、支払いが完了した時点で売掛金に計上しています。計上する時点は次の節で扱います。
割引を売上から直接引かず「売上値引」として分けておくと、クーポンの効果を後から帳簿で追えます。特定の商品への割引は、その商品と同じ税率で扱います。注文全体への割引で標準税率と軽減税率の商品が混ざるときは、税率ごとの割引額を分けて記録します。内訳が領収書などで分からない場合は、商品の金額の比率で按分します。
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 |
|---|---|---|---|
| 売掛金 | 3,800 | 売上高 | 3,300 |
| 売上値引（クーポン） | 300 | 売上高（送料） | 800 |
売上はいつ計上する？支払い済みで未出荷の注文に注意
法人税の取り扱いでは、商品の売上は引き渡した日の属する事業年度に計上します。引き渡した日には、出荷した日や相手に着いた日など、取引に合った日を選び、毎期同じ基準を使い続けます。
Shopifyでは、お客様の支払いが済んでから出荷するまでに日数が空くことがあります。支払いの時点で売上を登録している場合、決算月に支払い済みでまだ出荷していない注文が残ると、その分は翌期の売上になるよう調整が要ります。
出荷した日・着いた日などのどれを基準にするかは、顧問の税理士と決めておきます。
入金されたときの仕訳例
最初の注文が返金されずに、代金がShopify ペイメントから入金され、決済手数料135円が差し引かれていた場合の例です。手数料の額は決済方法や契約プランで変わるため、ここでは仮の金額にしています。
入金額を普通預金、差し引かれた手数料を支払手数料に計上し、注文のときに計上した売掛金を消し込みます。実際の入金には複数の注文がまとめて入るため、消し込む売掛金は、その入金に含まれる注文の合計額になります。
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 |
|---|---|---|---|
| 普通預金 | 3,665 | 売掛金 | 3,800 |
| 支払手数料 | 135 |
返金と手数料の税区分はどう扱う？
返金は、元の注文の日付にさかのぼらず、返金した日の取引として記録するのが一般的です。消費税でも、返金した日を含む課税期間で税額を調整します。最初の注文でまだ入金前に3,000円を返金した場合は、借方に売上返品（または売上値引）3,000円、貸方に売掛金3,000円です。元の仕訳は消したり書き換えたりしません。
Shopify ペイメントの手数料の消費税区分は、解説する記事によって扱いが一定していません。自社で決めきれない場合は、税理士に確認してから税区分を固定してください。
注文単位で登録すると、売上と返金はどう分かれる？
下の画面は、JournifyでShopifyのテスト用ストアの注文をマネーフォワード クラウド会計へ登録した履歴です。#1028の行が上の仕訳例と同じ注文で、借方に売掛金3,800円と売上値引・返品300円、貸方に売上高3,300円と売上高800円（送料）が入っています。
その上の「#1028（返金）」は、同じ注文の商品を3,000円返金した行です。元の注文の行はそのまま残り、返金が別の行として登録されています。
Journifyが対応する範囲と、登録を止める条件
Journifyは、Shopifyの注文を注文単位でマネーフォワード クラウド会計またはfreee会計に登録する外部サービスとして、Shopify向けの提供を準備しています。
注文が支払い完了になった時点で、商品・送料・割引を分けて登録する仕組みです。返金は返金した時点で、元の仕訳とは別に登録します。出荷した日を基準に売上を計上している場合は、決算月に残る未出荷の注文を別に調整してください。
一方で、税率の根拠が注文データから取れない注文や、日本円以外で受け取った注文は登録せずに止めます。止めた注文は、止めた理由と次にすることとともに仕訳登録履歴に残る仕組みです。日本円以外の注文は自動登録の対象外なので、必要なものは会計ソフトへ手で登録します。
マネーフォワード クラウド会計では、入金時の手数料と売掛金の消し込みを自動で登録する機能も用意しています。この機能はプレミアムプランで利用できます。
連携の状況と税区分は、登録を始める前に確認する
公開日：2026年9月24日
最終更新日：2026年9月30日
変更点：売上を計上する時点と、入金されたときの仕訳例を追加しました。割引と返金の消費税の扱いに国税庁の出典を加えました。
連携サービスの提供状況や、Shopify・マネーフォワード クラウド会計の仕様は変わることがあります。登録を始める前に、各社の公式案内を確認してください。
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