makeshopとfreeeの同期はいまも使える?
freee公式ヘルプによると、makeshopとの同期機能は2025年1月31日に終了しています。以前の同期を使っていた場合は、現在案内されている方法へ切り替える必要があります。
この記事はJournifyの運営元が作成しています。一般的な選択肢を比較したうえで、後半に自社サービスJournifyを具体例として、対応範囲と停止条件を分けて開示します。
現在の選択肢は、GMOイプシロンの口座をfreeeに連携する方法、makeshopの注文データをCSVで取り込む方法、外部サービスでmakeshopの注文単位に自動仕訳する方法の3つです。前半の2つはfreee公式ヘルプが現在案内している方法で、注文単位の自動仕訳は別の選択肢として整理します。
freee公式が案内している2つの方法
GMOイプシロンを利用している場合は、GMOイプシロン口座をfreeeに連携して入出金明細を取り込めます。入金の確認を中心に管理したい場合に向く方法ですが、注文ごとの商品・送料・割引まで確認する場合は、別途注文データとの突き合わせが必要です。
もう1つは、makeshopから注文データをCSV出力してfreeeにインポートする方法です。過去の注文をまとめて処理したい場合や、月次で内容を確認してから登録したい場合に使えます。
以前の自動同期が続いている前提で作業を始めると、売上の取り込み漏れや二重登録が起きる可能性があります。
makeshopの注文CSVで確認する項目
CSVを使う場合は、対象期間と注文状態を決め、makeshopから注文データを出力し、freee側の取込形式に合わせて登録します。makeshop公式の注文出力用テンプレートでは、注文番号、注文日時、処理状況、決済方法・決済ステータス、支払金額、送料、入金日、消費税8%・10%などの項目を扱えます。
まず注文番号を照合キーにし、処理状況と決済ステータスで、通常注文・未処理・キャンセル・返品などを分けます。すでにfreeeへ登録した期間をもう一度出力すると、二重登録の確認が必要になります。
注文に加算された決済手数料、送料、割引をどの勘定科目で処理するかは、登録前に決めておきます。一方、決済代行会社が入金時に差し引く実際の手数料は、注文CSVの金額だけでは分からないため、入金明細との突き合わせが必要です。
なお、makeshop公式の変更案内では、新しい管理画面の「商品単位で出力するデータ」で、決済手数料など一部の注文単位項目が商品行ごとに表示される仕様が案内されています。商品1行表示を使う場合は、支払金額や手数料などの繰り返し値を行数分合計しないでください。1注文1行表示を含むテンプレートの設定と、公式の項目一覧を確認してからfreeeへ取り込みます。
税込11,000円の注文を仕訳する例
商品代金が税込11,000円、標準税率10%、後払いで売掛金を計上する例です。税抜金額10,000円と仮受消費税1,000円に分けます。
| 借方 | 金額 | 貸方 | 金額 |
|---|---|---|---|
| 売掛金 | 11,000 | 売上高 | 10,000 |
| 仮受消費税 | 1,000 |
口座明細やCSVだけでは確認が残るケース
入金額だけを見ていると、注文金額との差額が何によるものか分からないことがあります。注文に加算された決済手数料、送料や割引の扱い、キャンセル・返品の有無を注文データと入金明細の両方で確認する必要があります。
makeshopの注文情報とfreeeの入出金明細を別々に管理する場合は、注文番号や対象期間を手掛かりにして、売上・入金・手数料の対応を確認します。決済代行会社の入金額と注文合計が一致しない場合は、決済サービス側の明細も確認してください。
選択肢の一つ:Journifyで注文単位に自動仕訳する場合
注文ごとの売上内容を会計ソフトへ登録したい場合は、makeshopとfreeeをつなぎ、注文単位で仕訳するサービスを使う方法があります。入金額だけでなく、注文データを起点に売上を処理する考え方です。
具体例としてJournifyでは、商品・送料・割引・注文に加算された決済手数料を注文単位の明細として扱います。出荷後にmakeshop上で注文金額を減額した場合は、差額の訂正仕訳を登録します。税率や金額の根拠が不足する注文、月をまたぐキャンセル、注文金額を変えずに行った返金は推測で処理せず、確認が必要な状態で止めます。
この方法を選ぶときは、税区分、勘定科目、送料・割引・注文に加算された決済手数料の扱い、過去注文の取込範囲、キャンセルや部分返品の扱いを確認します。freee会計へ登録するJournifyの仕訳では、管理番号と摘要欄の先頭の両方に注文番号を入れるため、管理番号が一覧に表示されない場合も摘要から注文を探せます。決済手段ごとの取引先を指定する場合は、設定画面で会計ソフト側の取引先と対応づけます。実際の注文を少数件で試し、会計ソフトに登録された仕訳と注文内容を照合してから本番運用へ移します。
以下はmakeshopとfreeeを連携したテスト環境の実画面です。実際の画面では、店舗の設定や登録状況によって表示内容が変わります。

3つの方法はどう使い分けるか
どの方法が合うかは、入金確認を優先するか、注文単位の明細を残すか、過去注文をまとめて処理するかで決まります。
| 方法 | 向いている運用 | 確認したい点 |
|---|---|---|
| GMOイプシロンの口座連携 | 入金明細を中心に管理したい | 注文ごとの商品・送料・割引は別途照合する |
| makeshop CSV + freee取込 | 過去注文をまとめて確認してから登録したい | 対象期間、注文番号、税区分、二重登録を管理する |
| 注文単位の自動仕訳 | 日々の注文を継続的に処理したい | 税区分、手数料、キャンセル・返品の対応範囲を確認する |
売上の取り込み漏れと二重登録を防ぐ確認事項
切り替えるときは、次の順番で確認します。
- freee側の最終登録最後に登録された注文番号と登録日を確認する
- 切替日日付を決め、makeshopの注文CSVを切替日の前後で分ける
- makeshop CSVの内容注文番号・処理状況・決済ステータスを確認する
- 注文番号の重複freeeへ登録済みの番号と、これから登録する番号が重ならないことを確認する
- 税区分と勘定科目標準税率・軽減税率・旧税率の区分が必要な注文は、取引日や設定を含めて税区分を確認し、売上・送料・割引・注文に加算された決済手数料の勘定科目を決める
- 少数件での試験登録通常注文・キャンセル注文・注文に決済手数料が加算された注文を登録し、仕訳を確認する
- 入金額との突き合わせ登録後に、会計ソフトの仕訳と決済サービスの入金額を突き合わせる
連携方法は公式情報を確認してから切り替える
makeshopやfreeeの連携仕様、税区分、決済サービスの入金方法は変更されることがあります。実際の登録前に、最新の公式案内と自社の会計方針を確認してください。
公開日:2026年8月13日
最終更新日:2026年9月18日
変更点:makeshopとfreeeの連携終了後に使える方法、注文CSVで確認する項目、Journifyの対応範囲とキャンセルの扱いを整理しました。摘要の注文番号と決済手段ごとの取引先について追記しました。エラー行が写った旧掲載画像を差し替え、混在税率の注文を登録した実画面を掲載しました。注文CSVの行単位による金額の重複表示に関する注意を追加しました。出荷後に注文金額を減額した場合の訂正仕訳について追記しました。
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